Os posicionamentos e ações da DENEM são tirados em espaços deliberativos. São instâncias deliberativas da DENEM, de maior a menor grau:

ECEM – Encontro Científico dos Estudantes de Medicina
COBREM – Congresso Brasileiro dos Estudantes de Medicina
ROEx – Reunião dos Órgãos Executivos dos Estudantes de Medicina
Reunião de CN – Reunião de Coordenação Nacional da DENEM

Tipicamente, é tirado o planejamento da gestão logo no seu início, durante o COBREM, enquanto no ECEM são criados e revistos posicionamentos da Executiva.