Para o desempenho de suas atividades a DENEM divide-se em 8 regionais para facilitar o canal de diálogo entre a entidade nacional e os Centros Acadêmicos ou Diretórios Acadêmicos, também denominados Coordenações Locais (CLs). Cada Regional possui uma Coordenação Regional que tem a responsabilidade de visitar as CLs assim como organizar os encontros estudantis de medicina de caráter regional. Os Encontros Regionais dos Estudantes de Medicina sãos os maiores encontro de âmbito regional, nos quais há debates políticos, eventos culturais e científicos,  ocorrendo anualmente.

As 8 regionais que compõem a DENEM, bem como os estados englobados por cada uma delas são:

  • Regional Sul 1: Rio Grande do Sul e Santa Catarina
  • Regional Sul 2: São Paulo e Paraná
  • Regional Sudeste 1: Rio de Janeiro e Espírito Santo
  • Regional Sudeste 2: Minas Gerais
  • Regional Centro-Oeste: Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Tocantins e Distrito Federal
  • Regional Nordeste 1: Bahia, Sergipe e Alagoas
  • Regional Nordeste 2: Pernambuco, Paraíba, Rio Grande do Norte, Ceará e Piauí
  • Regional Norte: Pará, Amapá, Amazonas, Roraima, Rondô- nia, Maranhão e Acre